木魚には、色や形の違い、サウンドの違い、機能、材質の違いなど、実に様々な種類が存在しますが、主にその大きさによって分類することができます。
なお、仏具としての木魚のサイズは尺貫法によって表記されますが、楽器用木魚はインチサイズで表します。（ちなみに、仏具としての木魚の標準サイズは5寸～6寸）
直径約5センチの携帯に便利なミニ・サイズ。手のひらにすっぽり収まる大きさで、ポケットに入れても違和感がない。サイズが小さいので音量はかせげないが、深夜の練習や、電車の中などの大きな音を出せない場所や、手が小さい人、常に木魚と触れ合っていたい人にはお勧め。ライブには不向き。材質は主にセンやカエデ、クスノキが用いられることが多い。日光の土産物屋さんなどでも売られており、手に入れやすい。金額的には1,000円から1,500円ほど。昨年UFOキャッチャーの景品として注目を浴びたことから、渋谷系ギャルの間でも人気が出ている。
最も標準的なサイズの木魚。直径約20センチ。オールマイティなサウンドキャラクターは、様々な音楽にマッチする。かの有名なイギリスのモクギョニストである、「ジェームズ・ボンズ」は、この7インチタイプを30個並べ、すばらしいパフォーマンスで魅せてくれる。材質は楠（クスノキ）を使われることが多い。初心者は、まずこのサイズから始めるといいだろう。アパートなど、音量が気になる場合も、サードパーティから発売されているミュート装置を使えば問題ない。また、急な法事にも使うことができるので安心だ。
直径約54センチのビッグ・サイズ。重量もあるため、持ち運びは不便だが、このサイズならではの低音に魅力を感じる人は多い。さすがにアパートで叩くのはためらわれるので、思いっきり叩きたいのであればスタジオに持っていこう。なお、大手のスタジオには大抵置いてある。
最も大きい木魚がこのタイプ。直径約8メートル。重さは数トンにも及ぶ。先日来日した、「モーニング・ストーンズ・娘」でも使用されたことは記憶に新しい。なお、この木魚の中に入ることだけは厳禁である。叩く前には中に人がいないことを確認するように法律で決められており、万が一、中に人がいる状態で叩いてしまうと、中の人間は強烈なサウンド・ソニックに襲われ、ここでは書けない状態になってしまう。叩いてしまった本人も罪が問われるので、使用上の注意を良く読み、用法用例を正しくお守りいただきたい。一部専門店のみでの販売となる。
木魚の内部にピックアップや貼りマイクをつけたもの。大きなステージで木魚サウンドを最大限に生かすために開発された。アンプを通すことでアコースティックな暖かいサウンドを大音量で鳴らすことができる。ギター用のエフェクターを使うことで、通常の木魚では得られない様々な効果を生み出すことも可能となる、新世代の木魚。材質は木製の他、プラスティック、カーボンなど様々で、デザインの自由度も高いため、多種多用なデザインのモデルが存在する。また、ストラップをつけるピンがついており、立ったまま演奏できるのも魅力。
